Początki Małpolskiego Szlaku Owocowego siegąją roku 2003. Efektem pracy Małopolskiej Organizacji Turystycznej było oznakowanie tablicami 156 obiektów i gospodarstw sadowniczych w 7 gminach: Łącko, Raciechowice, Gdów, Stary sącz, Laskowa, Trzeciana oraz Zawoja.

Duża popularność tego przedsięwzięcia wśród gospodarstw sadowniczych w małopolsce przyczyniła się do rozbudowy szlaku o kolejne podmioty w 2004 roku. W tym okresie MSO powiększył się o kolejne 148 obiektów.

Aktualnie na szlaku znajduje się blisko 300 obiektów sadowniczych w 23 gminach województwa małopolskiego. Dla ułatwnienia poruszania się po szlaku w każdej z tych gmin znajduje się tablica zbiorcza określająca lokalizacje poszczególnych obiektów.

Obiekty sadownicze zainteresowane przystąpieniem do Małopolskiego Szlaku Owocowego proszone są o kontakt z biurem Małopolskiej Organizacji Turystycznej.